De basis voor goede melkkwaliteit en het behoud daarvan is hygiëne. Het bestrijden van bacteriën en andere ziekteverwekkers vraagt dagelijks om aandacht. Daarom is hygiëne van melkwinningsapparatuur, koeltanks, verminderen van overdracht van bacteriën tijdens het melken uitermate belangrijk.
Om bactieriegroei binnen melkwinningsapparatuur is het onder controle houden moet het reinigen moet altijd zo snel mogelijk na het melken plaatsvinden. Reiniging moet zo lang duren als nodig is om de juiste contacttijd tussen water, reinigingsmiddel en alle onderdelen en oppervlaktes van melkwinningsapparatuur wordt gerealiseerd. Duurt reiniging te lang, dan kunnen er door temperatuurdaling vetdeeltjes neerslaan in de apparatuur.